EMT是一种自身免疫性疾病，在许多患者体内可以测出抗子宫内膜的自身抗体。EMAb是EMT的标志抗体，其产生与异位子宫内膜的刺激及机体免疫内环境失衡有关。EMT患者血液中EMAb水平升高，经GnRH-a治疗后，EMAb水平明显降低。测定抗子宫内膜抗体对内异症的诊断与疗效观察有一定的帮助。腹腔镜检査是诊断EMT的金标准，特别是对盆腔检査和B超检査均无阳性发现的不育，或腹痛患者更是重要手段。在腹腔镜下对可疑病变进行活检，可以确诊和正确分期，对不孕的患者还可同时检查其他不孕的病因和进行必要的处理，如盆腔粘连分解术、输卵管通液及输卵管造口术等。
目前，世界上公认并应用的子宫内膜异位症分期是RAFS分期，即按照病变部位大小、深浅、单侧或双侧、粘连程度及范围，计算分值，定出相应期别。美国试管婴儿专家介绍到，此评分法将子宫内膜异位症分为4期。I期(微小)：1〜5分;n期(轻度)：6〜15分;m期(中度)：16〜40分;w期(重度)：40分以上。以上分期方法均需经开腹或腹腔镜手术进行，不适用无手术条件患者。
内异症患者腹水中的巨噬细胞数量增多且活力增强，不仅吞噬精子，还可释放白细胞介素-l(IL-l)、白细胞介素-2CIL-2)肿瘤坏死因子(INF)等多种细胞因子，影响精子的功能和卵子的质量，不利于受精过程及胚胎着床。腹水中的巨噬细胞降低颗粒细胞分泌孕酮的功能，干扰卵巢局部的激素调节作用，使LH分泌异常、PRL水平升高、前列腺素(PG)含量增加，影响排卵的正常进行，可能导致LPD、LUFS、不排卵等。临床发现EMT患者IVF-ET的受精率降低，盆腔液中升高的PG可以干扰输卵管的运卵功能，并刺激子宫收缩，干扰着床和使自然流产率升髙达50%。
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