临床上发现，引起男性不育症的病因很多，生殖道感染是最常见的病因之一，约15%的男性不育与此有关。病原微生物可感染男性生殖道或生殖器官的任一部位，如睾丸、附睾及其他附属性腺。精子在发育、成熟和运输的不同阶段，都可能受到感染的影响而造成男性不育。
引起生殖道和生殖腺感染的病原体有淋病奈瑟菌、结核杆菌、病毒、支原体、沙眼衣原体、滴虫及其他非特异性致病菌，其中以支原体和衣原体引起的生殖道和生殖腺感染最为常见。
病原体感染可致少精子症，其主要机制是损伤睾丸的生精上皮，影响精子生成，此外感染的炎性反应可造成精道阻塞。急性腮腺炎最常见的并发症是腮腺炎病毒感染睾丸，致睾丸不可逆的损伤，影响精子发生。青春期后腮腺炎并发睾丸炎的发生率为30%，10%〜30%为双侧发病，其最严重的后果是导致睾丸萎缩和不育。
睾丸永久性萎缩发生在感染后的数月至数年内，病理表现为间质弥漫性水肿及单核细胞浸润，进而引起生精小管硬化、萎缩，精子发生严重障碍。解脲脲原体(ureaplasma urealyticum，UU)感染亦可引起精子生成障碍，动物试验显示UU感染可引起生精小管内出现巨噬细胞，生精细胞严重退变、脱落。许多精母细胞内的线粒体空泡变性，细胞质中出现许多泡状结构。在不育男性的睾丸活检标本中能分离出UU，提示支原体可干扰精子生成。沙眼衣原体(chlamydiae trachomatis，CT)感染常引起睾丸炎症细胞的浸润，损害精子的生成。
弓形虫是一种专性细胞内寄生的球虫，可寄生与繁殖在人体内所有有核细胞，并导致细胞死亡。弓形虫侵人生殖系统后，常呈隐性感染，无明显临床症状及体征，弓形虫侵人睾丸内各级生精细胞，并在生精细胞内寄生、繁殖，最后导致这些生精细胞的分裂障碍及死亡，引起男性不育。生殖系统结核可使精子发生抑制和运输受阻等，感染严重者可因睾丸炎症引起睾丸萎缩。
生殖道感染可导致输精管道梗阻而造成无精子症。结核杆菌可侵袭输精管及附睾，使输精管壁增厚变硬呈串珠样改变。淋病奈瑟菌可破坏附睾尾部，丝虫感染累及附睾及输精管，造成精道阻塞。沙眼衣原体感染常引起附睾炎，导致阻塞性无精子症。生殖道和生殖腺感染对精子的影响，概括起来为两个方面：病原微生物的直接作用和感染引起的精子微生态环境发生变化。
慢性前列腺炎可使前列腺腺体分泌功能下降，蛋白水解酶减少，精液液化时间延长，从而发生精液液化异常。精液不液化致使精子在黏稠状的精液中无法自由游动，常为导致不育的直接原因。活性氧是生殖道和生殖腺感染后精液中的主要产物之一，也是导致精子质量下降和不育的主要因子。
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