主要发生于先天性疾病所引起睾丸发育障碍，如染色体异常、基因异常、内分泌异常、生精细胞异常，如唯支持细胞综合征和隐睾症，以及输精管道的先天性畸形等。包括后天性的性腺、输精管道或丘脑下部、脑垂体的炎症和损伤(包括外力损伤、化学或药物性损伤、放射性损伤)及肿瘤等疾病。其中最常见的是性腺和输精管道的感染。性腺的感染主要为病毒类的感染，病原体可以直接损伤支持细胞和生精细胞，支持细胞损伤则会引起生精细胞凋亡。生精细胞凋亡则会引起精子浓度下降，甚至会导致很少见到精子。
正常男性一般一次排出精液2~5mL,每毫升含精子数2000万~15000万，即一次排出的精子数为1.2亿~3亿。其中进人宫腔的仅有1%~5%，能到达输卵管峡部的亦仅有数十个而已，故判断一个成年男子的生育力不能单以精子数为依据。一些国外学者研究的统计结果表明，精子浓度与妊娠没有明显的相关关系，而精子的活动力和形态对男性的生育力反倒具有重要的意义。
WHO在第四版提出，正常男性精子浓度为每毫升2000万~10000万，而染色形态正常的精子应在30%以上。但WHO在第五版中规定：精子浓度的参考值下限为15xIOVmL,精子总数的参考值下限为39xlOVmL每次射精。正常形态精子的参考值下限为4%。精液中，形态正常的精子总数更具有生物学意义。精液中精子总数乘以正常形态精子百分比得出正常形态精子的总数。
精液常规检查对不育原因的分析和治疗评价具有一定的价值，但不能作为评价的主要依据，要使其具有较好的可比性和可信性，首先应重视各个检查环节的规范化。精液收集方法、保存温度、收集后至检查的时间距离、容器的pH值和其他化学物质污染，以及各项的检查时间等都可能影响精液常规检查的精确程度。
但是，在目前精液常规检查方法中，许多参数都很难做到量化和标准化，而且检查中常带有主观的意识，即使用CASA检查也很难避免对视野的主观选择，因此，很难做到完全的规范化。
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