在整个不孕患者中子宫内膜因素占10%，3个以上人工授精失败的患者中约10%存在子宫内膜异常。增殖末期子宫内膜的正常厚度>9。若子宫内膜厚度<6mm，在人工授精和试管婴儿中很难发生妊娠；而当子宫内膜厚度在6-9mm时，妊娠率较低，且容易发生早期流产。
影响内膜厚度或胚胎着床的内膜与子宫异常包括:宫腔粘连（Asherman综合征）、子宫内膜多发性息肉、子宫内膜过度增生、宫腔内积液和黏膜下子宫肌瘤。在首次进行治疗过程中，或在行人工授精治疗之前，应对排卵前子宫内膜厚度与卵泡发育进行评估。
沙眼衣原体感染为发达国家女性输卵管闭塞的首要原因。在某些发展中国家，肺外结核杆菌感染是导致输卵管阻塞的主要原因。其他引起不孕和流产的感染因素包括:刚地弓形虫、细菌性阴道炎、人型支原体（脲原体）、李斯特菌、弯曲菌属、巨细胞病毒和疱疹病毒。在发达国家和发展中国家，宫内节育器（IUD)放置所致的放线菌感染与单侧和双侧输卵管阻塞相关。对于因疼痛、出血或感染原因而取出IUD的患者，应考虑已存在输卵管病变。乙型肝炎、丙型肝炎、人类免疫缺陷病毒（HIV)和生殖器疱疹病毒感染不会导致不孕症，但在怀孕期间病情可能恶化，以及可能垂直传播给子代。其他病原体如风疹病毒、巨细胞病毒等可能引起出生缺陷。
既往有感染或流产史的患者和那些曾患有引起不孕、出生缺陷或在分娩时可能发生垂直传播的疾病的患者应在助孕治疗前进行筛查，必要时应该给予治疗。引起输卵管粘连或阻塞的感染可在手术(扩张和刮宫术、宫腔镜检查、活检术)或放射性诊断操作时发生。任何宫内操作前均应预防性使用抗生素治疗。
在人工授精培养基中常规添加抗生素，但操作者应对此进行复核以确保此过程已完成；若人工授精培养基未添加抗生素，患者应该用抗生素处理。在精液或宫颈黏液中检测到细菌感染时，应额外使用抗生素治疗。
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